אונר"א עתרה לבג"ץ בבקשה להפסיק לאלתר את הריסת המטה שלהם במעלות דפנה בירושלים, וכן למנוע את ניתוק החשמל והמים למקום.  בעתירה שהוגשה לבג"ץ, היא טוענת כי "אי הוצאת צו ביניים תגרום נזקים חמורים ובלתי הפיכים לעותרים ולנפגעים רבים נוספים". עוד נטען בעתירה, כי "מהריסת המבנים אין דרך חזרה, וניתוק התשתיות החיוניות להמשך פעילותם של השירותים החיוניים משמעו סגירה גורפת של השירותים ופגיעה מקיפה בהם. נזקים אלה עולים לאין שיעור על הזנק שייגרם, אם בכלל, למשיבים התוצאה מהוצאת הצו. זאת במיוחד לנוכח העובדה כי מתן צו הביניים ישמר, לעת עתה, את המצב שהיה קיים עובר לחקיקת החוקים ותיקון החוק , ואשר התקיים זה כ 77 שנים ביחס לעותרים ולתושבי ירושלים המזרחית".

הצעדים נגד אונר״א החלו בסוף 2024 עם החלטת ישראל להוציא מהחוק כל פעילות של הארגון בתוך גבולות המדינה. בדצמבר 2025 הכנסת הצביעה לטובת ניתוק מתקני אונר״א ממים וחשמל. לפני פחות משבועיים הגיעו כוחות ישראלים לפנות את מתקן אונר״א ברובע המוסלמי בעיר העתיקה בירושלים.

שי גליק מנכ"ל בצלמו מסר: מצער שבג"ץ במקום לזרוק את ארגון הטרור אונר"א בוחר לדרוש מהמדינה תשובות. לכלל אזרחי ישראל ברור שארגון זה שהיה שותף באירוע השבעה באוקטובר ומתקניו שימשו מחבוא לחטופים ועובדיו פגעו שוב ושוב באזרחי ישראל זוכה להגנה משפטית. אני דורש ממדינת ישראל באופן מידי לדחות את העתירה על הסף ולחייב את ארגון אונר"א בהוצאות משפט גבוהות שיבינו שדרך הטרור לא משתלמת

אתמול פרסמנו כי כוחות הגיעו לפנות ולהרוס את מטה אונר״א בגבעת התחמושת. מאז תחילת המלחמה נחשפו קשרי אונר״א עם ארגון הטרור חמאס, והתגלה שחלק מפעילי אונר״א אף לקחו חלק בטבח 7 באוקטובר. בנוסף, מנהרות ותשתיות טרור רבות נמצאו מתחת למבנים השייכים לאונר״א ברצועת עזה.