בנובמבר 2021 הגישה רשמת העמותות, באמצעות יחידת האכיפה והבקרה ברשות התאגידים שבמשרד המשפטים, בקשה למתן צו פירוק נגד עמותת וורלד ויז'ון לבית המשפט המחוזי בירושלים.

בקשת הפירוק נסמכה על הליך ביקורת עומק בעמותה, מטעם רשם העמותות, וממצאיו העלו ליקויים מהותיים, הכוללים גם שימוש בנכסי העמותה שלא לשם הגשמת מטרותיה, הליך פלילי המתנהל נגד עובד העמותה לשעבר שעניינו בהעברת נכסי העמותה לידי גורמים הקשורים לטרור, אי קידום מטרותיה הרשומות של העמותה, כשלים בהתנהלות מוסדות העמותה ועוד.

בינואר 2023,  הורה בית המשפט על מתן צו לפירוק זמני של העמותה ומינויו של עו"ד עדי פיגל כמפרק זמני; ב-31.1.23 נדחתה על ידי בית המשפט העליון בקשת רשות ערעור שהוגשה על-ידי העמותה.

הבקשה נדחתה מבלי שנתבקשה כלל עמדת יחידת רשם העמותות לבקשה. במסגרת החלטתו נתן בית המשפט העליון דעתו לנסיבות המקרה. כמו כן, בית המשפט העליון נתן דעתו אף לעובדה, כי בקשת הפירוק גובתה בדו"ח ביקורת עומק מקיף, אשר פירט את ממצאי הליך הביקורת הארוך, שנערך לעמותה על-ידי יחידת רשם העמותות.

ביום 9.11.23 הגיש המפרק הזמני בקשה לצו איסור דיספוזיציה (איסור העברת זכות שימוש בנכס) בנכסי העמותה מאחר שעיון באתר העמותה העלה כי האחרונה פועלת לגיוס כספים לעזה. ביום 31.10.23 ניתן על-ידי בית המשפט המחוזי בירושלים, לבקשת המפרק הזמני, צו איסור דיספוזיציה נרחב בנכסי העמותה, וקבע את התיק לדיון.

בדיון, שהתקיים ביום 7.12.2023, הורה בית המשפט על הארכת תוקף הצו ועל הרחבת סמכויות החקירה הנתונות למפרק הזמני וקבע שהן תהיינה כסמכויות חקירה הנתונות למפרק קבוע.

על פי נתוני גיידסטאר (רשם העמותות של משרד המשפטים), הכנסות העמותה בשנת 2021, עמדו על 34,381,509 ש"ח, ש-76% מהן הם הכנסות מחו"ל.