לאחר שהשופטים דחו את בקשת חפץ והפרקליטות לקיים את החקירה הנגדית של עד המדינה בדלתיים סגורות, החלה החקירה הנגדית של חפץ בידי ההגנה.

חפץ סיפר במהלך החקירה הנגדת כי ננקטו נגדו במהלך מעצרו אמצעיים קיצוניים וחסרי פרופורציה לחשדות בגינן נחקר. לדברי חפץ: "האמצעים בחקירה היו דרקונים - לא דמיינתי שאמצעים כאלה יכולים להינקט. הם חסרי פרופורציה לחשדות עליהם נחקרתי".

חפץ סיפר על מניפולציות שנעשו לו בזמן מעצרו: "הוציאו אותי מחדר החקירה ודאגו שאשתי תעבור לידי. נכנסו לי לקרביים, הבנתי שיפרקו לי את הפרטיות. החוקריות הקריאו כל הזמן שאלות מתוך הנייד שלי. היה ברור שאיימו עלי כדי שאחתום על הסכם עד מדינה. לא היה צריך להיות גאון גדול כדי להבין את הרמזים". 

"זה היה ליל בלהות", נזכר חפץ ומוסיף: "היו בו גם אירועים קשים".

במהלך החקירה הטיח החוקר בחפץ: ״צנעת הפרט שלך תרד בבית השימוש של ההיסטוריה״. חפץ התייחס לכך היום (שלישי) באולם בית המשפט ואמר: "ידעתי שבסופו של דבר כל מה שיהיה בידי המשטרה יגיע בסבירות גבוהה מאוד לתקשורת. אני יודע מה היקף תופעת ההדלפות".

עו"ד בן צור שאל את חפץ: "ידעת שלפני מעצרך הגוף חקירה עשה עבודת תחקיר מקיפה עליך?" בתגובה השיב חפץ: "הסקתי מהחומרים והאירועים בחקירה שהיו גם האזנות וגם מעקבים לפחות שבוע לפני המעצר. לא הבחנתי בזה בזמן אמת".

חרף הכחשות המשטרה והפרקליטות כי היו איומים על ניר חפץ כדי שיהפוך לעד מדינה, באולם הדיונים הוקרן תיעוד מהחקירה בו נשמע החוקר מטיח בחפץ: "מה עדיף לך? המשפחה שלך או האינטרסים של נתניהו?".