ראש אגף המבצעים לשעבר במשטרה, אמנון אלקלעי מתח ביקורת על מפכ"ל המשטרה, קובי שבתאי, במהלך עדותו בוועדת החקירה שהוקמה לחקר אסון מירון ואמר כי המפכ"ל שבתאי "שלל הגבלת קהל ולא אישר פיתרון ביניים".

לדברי אלקלעי, שבתאי שלל על הסף את הגבלת המשתתפים בהילולה במירון ואמר כי "או שההר פתוח לגמרי או סגור לגמרי". עוד טען אלקלעי בוועדת החקירה כי הזהיר את שבתאי ש"יתכונן לאירוע רב נפגעים". על פי עדותו של ראש אגף המבצעים, המפכ"ל שבתאי אמר בתגובה לחששות מאירוע המוני כי "אם תהיה ועדת חקירה תבואו אליי. אני לא הגבלתי את כמות הקהל".

אלקלעי הסביר את החלטתו להתפטר מתפקידו לאחר האסון: "באמצע מרץ ביקשתי לסיים את תפקידי במשטרה על רקע זה שאני לתחושתי תהליך קבלת ההחלטות הוא שגוי, ההישענות על הדרג המקצועי שגויה. ביטאתי את זה בפני המפכ"ל, ואמרתי לו 'אני לא יכול לקיים את האחריות שלי, האחריות שלך גוברת, אין לי סמכות".