תנועת הרכבות תחודש באופן מדורג החל מיום ראשון ה-17.5.20, זאת בתנאי שיינתן אישור מטעם משרד הבריאות הנדרש לפי תקנות צווי הבריאות. אישור זה נדרש בשל היותה של הרכבת אמצעי הסעת המונים ייחודי ביחס אמצעי תחבורה אחרים, הכולל מספר קרונות עם יציאות וכניסות רבות, אשר עובר במספר רב של תחנות ביניים. בשל כך לא ניתן לשלוט במספר הנוסעים והתקהלותם ברכבות וברציפים.

בהתאם להנחיות משרד הבריאות, נוסעי הרכבת יידרשו לאחריות חברתית בדומה לכלל המקומות הציבוריים, הכוללים שמירה על ריחוק חברתי, עטיית מסיכה והימנעות מנסיעה במקרה של תסמיני מחלה. רכבת ישראל תקיים הסברה בקרב הנוסעים להדגשת הוראות משרד הבריאות, ותפעיל מערך בידוק מוגבר בכניסות לתחנות. המאבטחים יבדקו חום, יתשאלו את הנוסעים, וכן יחייבו חבישת מסיכה וחיטוי ידיים.

תנועת הרכבות תחודש בשני שלבים מרכזיים, כאשר על פי הנחיית משרד התחבורה, בשלב זה (בין התאריכים 17-30.5.20), יופעלו קווים מרכזיים, עם שינויים במסלולי הנסיעה, בימי ראשון עד חמישי בלבד, בין השעות 6:00-22:00 (בקירוב).

תחנות שתישארנה סגורות:

נתניה ספיר; בית יהושע; הרצליה; רעננה מערב; רעננה דרום; הוד השרון סוקולוב; כפ"ס נורדאו; בני ברק; פאתי מודיעין; נתב"ג; י-ם גן החיות; י-ם מלחה; חולון וולפסון; צומת חולון; בת ים יוספטל; בת ים קוממיות; ראשל"צ משה דיין; יבנה מערב; יבנה מזרח; אשדוד עד הלום; דימונה.

בתקופה זו יושלמו עבודות תשתית רבות, אשר ביצוען החל ונמצא בעיצומו, וכן עבודות שיאפשרו צמצום הפסקות התנועה היזומות שתוכננו להתבצע בכל מקרה בעתיד. עם סיום שלב ההפעלה הראשון בסוף החודש, ובכפוף לאישור מטעם משרד הבריאות, יורחב השירות הרכבתי ויוחזרו לפעילות קווים ותחנות נוספות.

עם חזרתה המלאה של תנועת הרכבות לשגרה תמשיך הרכבת בהאצת פרויקט חישמול המסילות וכן בפרויקטים נוספים דוגמת המסילה המזרחית, אשר ידרשו המשך שינויים מסוימים בתנועת הרכבות באיזור הדרום והשרון גם בחודשים הבאים.

פירוט הקווים שיוחזרו לפעילות בין התאריכים 16-30.5 בימים ראשון עד חמישי בין השעות 6:00-22:00

רכבות בקווים כרמיאל-חיפה חוף הכרמל, עתלית-בית שאן (קו העמק), ירושלים נבון-ת"א ההגנה, לוד-ראשל"צ הראשונים - תופעלנה כסדרן.

רכבות בקו נהריה-מודיעין מרכז - תופעלנה במתוכנת מפוצלת - בין תחנות נהריה ונתניה, ובין תחנות מודיעין מרכז ות"א סבידור מרכז (ללא עצירה בתחנות נתב"ג ופאתי מודיעין בה מתבצעות עבודת שדרוג לשיפור השירות כחלק מפרויקט קשת מודיעין).
לא יופעלו רכבות בין תחנות נתניה לת"א סבידור מרכז. לרשות נוסעי הרכבת בשעות הפעילות (שעות היום בלבד) תפעיל רכבת ישראל מערך היסעים חינמי בין תחנות נתניה ות"א סבידור מרכז.

רכבות בקו נהריה- באר שבע (דרך קרית גת, לוד וכ') - תופעלנה במתכונת מפוצלת - בין תחנות נהריה וחיפה חוף הכרמל, ובין תחנות ב"ש מרכז ות"א סבידור מרכז.

רכבות בקו כרמיאל-ב"ש מרכז (דרך קריית גת, לוד וכ') - תופעלנה במתכונת מפוצלת - בין תחנות כרמיאל וחיפה חוף הכרמל, ובין תחנות ב"ש מרכז ות"א סבידור מרכז. לא יופעלו רכבות בקוים אלה בין תחנות חיפה חוף הכרמל ות"א סבידור מרכז. אך ניתן יהיה להמשיך דרומה מתחנת חיפה חוף הכרמל לתחנת נתניה באמצעות קווים אחרים.

רכבות בקו ב"ש-ראשל"צ משה דיין-ת"א-רעננה (קו הנגב המערבי) - תופעלנה במתכונת מפוצלת - בין תחנות ב"ש מרכז ואשקלון, ובין תחנות ראש העין צפון ות"א ההגנה (ללא עצירה בתחנת בני ברק, בה מתבצע פרויקט שדרוג משמעותי שנמצא בעיצומו).
לא יופעלו רכבות בקו זה בין רעננה לראש העין צפון, ובין אשקלון ואשדוד לת"א ההגנה.

רכבות בקו הפרברי בנימינה/נתניה-אשקלון/רחובות - תופעלנה בין תחנות ת"א סבידור מרכז ורחובות. לא יופעלו רכבות בקו זה בין בנימינה לת"א סבידור מרכז ובין תחנות אשקלון ואשדוד לרחובות.

רכבות בקו נתניה-בית שמש - תופעלנה בין תחנות ת"א ההגנה ובית שמש. לא יופעלו רכבות בקו זה בין ת"א ההגנה ונתניה. (אך ניתן יהיה להמשיך צפונה מעבר לתחנת ההגנה בקווים אחרים עד תחנת ת"א סבידור מרכז).

רכבות בקווים: בית שמש-ירושלים מלחה, ב"ש צפון-דימונה ורכבות הלילה בכל הקווים - לא תופעלנה.