שר החינוך, הרב רפי פרץ, הגיב לדבריו של ח"כ לשעבר ניצן הורוביץ' שתקף אותו בחריפות. הורוביץ' כתב כי השר "פועל על פי תכתיבים של רבנים קיצוניים", ואמר כי הרב רפי יכניס "עוד ועוד 'כפייה דתית' לבתי הספר". הרב פרץ כתב בתגובה כי הורוביץ' ממשיך להסית ולהפיץ שנאה כלפי הדת וכל מה שקשור ביהדות ובמסורת ישראל. 

הורוביץ' כתב: "לשר החינוך הזמני זה לא משנה שהתלמידים נכשלים במדעים, במתמטיקה ובהבנת הנקרא. אז מה אם על פי נתוני ה-OECD שמתפרסמים היום ב'דה מארקר', תלמידי ישראל לומדים לימודים דתיים פי 3 מבכל מדינה נורמלית? ככה נראה שר חינוך זמני שהוא בובה. שחושב, ופועל, על פי תכתיבים של רבנים קיצוניים, בדיוק כמו ה'רב' שמואל אליהו, שאמר על החילוניים שצריך 'לטחון להם את הראש, להחזיר להם את הילדים בתשובה'".

רפי פרץ כבר פותח שנת לימודים אחת. אם אנחנו לא נתעורר, הוא יפתח עוד שנת לימודים, ועוד אחת, ויכניס עוד ועוד כפייה לבתי הספר. אנחנו במחנה הדמוקרטי מבינים את חומרת המצב. אנחנו שמים קו אדום להדתה בבתי הספר, וב-17/09 אנחנו נעיף את עסקני הדת ממערכת החינוך''.

הרב פרץ בתגובה: "‏ניצן, אם היית עושה חצי ממה שאני עשיתי עבור מדינת ישראל הייתה לך הזכות לדבר. כשאתה הגשת תכניות ברדיו אני חילצתי פצועים מסולטן יעקב ומכביש ביירות-דמשק.

‏אתה פריבילג ומתנשא שרק מפיץ שנאה נגד כל מה שקשור ביהדות ובמסורת. סימנת את הציונות הדתית - אנשים שתורמים ומסורים לעם ולמדינה רק כדי לקושש עוד קולות לשמאל הפוסט-ציוני.

‏אנחנו נמשיך עם האמת שלנו וככה, כמו בפעמים הקודמות, גם ננצח. אתה תמשיך לרטון ואנחנו נמשיך לעשות".