בג"ץ לא יתערב בעבודות הרכבת בשבת וישאיר לבעלי הסמכות (שר הכלכלה וממשלת ישראל) להחליט האם לרכבת יינתן אישור לעבוד בשבתות ספציפיות. בתוך כך, בג"ץ נתן צו ביניים המאפשר לרכבת לא לקבל הוראות מראש הממשלה וזאת עד להכרעה סופית בבית המשפט. גורם בליכוד אמר לחדשות 0404 כי "הנהלת הרכבת לא תעז לעבוד בשבת ללא אישור ישיר מראש הממשלה נתניהו. גם השר לא ייתן אישור ללא אישור של ראש הממשלה. הסיפור הזה תלוי מעתה רק בראש הממשלה". מוקדם יותר, המדינה הגישה לבג"ץ את תגובתה לעתירת ח"כ זהבה גלאון נגד ההחלטה לבטל את עבודות התחזוקה והתשתית של רכבת ישראל בשבת. בתגובת המדינה נאמר, בתמצית, כי דין העתירה להידחות על הסף שכן העתירה כולה מתייחסת לעבודות שבוצעו בסוף השבוע שחלף, ומשכך כל הסעדים המתבקשים בגדרה אינם אקטואליים עוד ולפיכך הם תיאורטיים לחלוטין. למעלה מן הצורך, מוסיפה המדינה בתגובתה שהוגשה באמצעות עו"ד אבי מיליקובסקי ממחלקת הבג"צים בפרקליטות המדינה, לרכבת ישראל ניתן היתר מיוחד להעסקת עובדים במנוחה השבועית. מדובר בהיתר לכלל חודש ספטמבר וביכולתה של רכבת ישראל להחליט באילו שבתות לנצל את ההיתר, וכיצד. מן המשיבים נמסר, כי ההיתר לא בוטל או הותלה והינו בתוקף, ומשכך רשאית רכבת ישראל לעשות בו שימוש כל עוד לא הותלה או בוטל. עוד נמסר מן המשיבים, כי ככל שתהיה כוונה לבטל את ההיתר או להתלותו, הרי שהדבר יבוצע על ידי בעל הסמכות על פי סעיף 12(א) לחוק (שר העבודה, או מי שהואצלה לו הסמכות מטעמו), על פי כל דין, בכפוף לכל כללי המשפט המינהלי החלים. מטבע הדברים, נאמר עוד בתגובה, בשים לב לאירועי הימים האחרונים, נבחנת הסוגיה מושא ענייננו במבט צופה פני עתיד על ידי הגורמים הרלוונטיים, ובין היתר, מן המשיבים נמסר כי צפויות ישיבות עבודה בעניין הנדון, לרבות פגישה הקבועה להיום בהשתתפות גורמים רלוונטיים מן המשיבים ומרכבת ישראל. ב