דן מרגלית, עיתונאי מוערך ובעל ידע נרחב, כתב הבוקר (ו') ב"ישראל היום" על הרב אייל קרים. מרגלית, תמה מדוע צה"ל לא בדק קודם את הדברים שאמר הרב קרים באמצעות חיפוש פשוט בגוגל ואז היה מוציא הודעה על מינויו הצפוי לרב הצבאי הראשי, תוך הבהרה על הדברים שאמר בעבר. מרגלית צודק בכך שצה"ל צריך לבדוק כל מועמד לתפקיד ומבעוד מועד. כך ראוי לעשות בכל עבודה, בכל מועמד למשרה כזאת או אחרת ולבטח בצבא ההגנה לישראל. בהמשך דבריו, תחת הכותרת "מחויב לצה"ל, לא לתלמודו", ציין מר מרגלית כי , "התיקון שנדרש בדבריו בושש לבוא, אך הגיע. הוא מחויב לצה"ל ולא לתלמודו לפני 13 שנים". כאן, טעה מרגלית. תלמודו של הרב קרים הוא תלמודו של כל עם ישראל, של כל יהודי, הנושם את תורת ישראל. אפשר לפרש דברים לכאן או לשם בבחינת "70 פנים לתורה", אך בלתי ניתן לסתור את הכתוב בה. הרב קרים מחויב קודם כל לאמונתו. לא רק הרב קרים. גם צה"ל עצמו מחויב קודם לאמונת העם בישראל. לא בכדי בצה"ל משרתים רבנים צבאיים (את תפקוד חלק מהם צריך לבדוק בנפרד), דווקא כדי להגן על הלכות בענייני כשרות, שבת, דת ואף אחריות על ספרי קודש ותפילה שיהיו בכל בסיס. צה"ל מכיר בכך ואילו המיועד לתפקיד הרב הצבאי הראשי מחויב לכך. מרגילת המשיך וכתב: "עיקר הבירור קשור בעתיד: האם יגייר קרים את החיילים ביד קלה או שיענה את נפשותיהם עד שימאסו ביהדות? אנא, שיהיה מבית הלל". גם כאן טעה מרגלית. הרב קרים לא יכול לעשות הלכה לעצמו. גם בענייני גיור יש הלכה ברורה. הרב קרים מחויב לה ואסור לו לאשר גיורים רק בכדי שהיהדות לא תמאס על החיילים. האם לדידך, מר מרגלית, צריך הרב קרים לאשר גם נישואין בין יהודי לגויה? האם הרב קרים צריך לאשר מטבחים בצה"ל שבהם יאכלו מאכלי טריפה? או האם צריך הרב קרים להורות על הסרת מזוזות מכל בסיסי צה"ל, רק בכדי שלמאן דהוא לא יימאס מהיהדות? התשובה ברורה!