שר הביטחון, משה (בוגי) יעלון, הורה לאחרונה לצה"ל להפסיק מיידית את שיתוף הפעולה עם הרב אליעזר מלמד, שאמר כי יש לסרב פקודה על הוראות של מפקדים בעניין פינוי יישובים ועוד פקודות הנוגדות את התורה - כך נודע לראשונה לחדשות 0404. ראש מטה שר הביטחון, חיים בלומנבלט, שיגר מכתב לצבא ולראש מטה איגוד ישיבות ההסדר, תחת הכותרת "איסור שיתוף פעולה עם הרב אליעזר מלמד". המכתב ממשרד הביטחון וכן המכתבים הפנימיים בצבא הגיעו לידי חדשות 0404. את המכתב הראשון, עם הוראת שר הביטחון, שיגר כאמור, חיים בלומנבלט: "לאחרונה אנו עדים שוב להתבטאויות קיצוניות מצד מי שהיה ראש ישיבת ההסדר הר ברכה, הרב אליעזר מלמד, שחלקן עומד בניגוד מוחלט לעמדות מערכת הביטחון בצה"ל ובפרט קריאותיו לסירוב פקודה בעניינים מסוימים. לאורך השנים אנו עדים להצלחת מפעל הגיוס של בני ישיבות ההסדר, המשלב בין לימודי קודש ושירות צבאי משמעותי. הלימודים במסגרת ישיבות ההסדר צריכים להעשות תוך שמירה על ערך השירות בצה"ל, שכן תלמידי הישיבה הם חיילים המצויים בשלבים שונים בשירותם". "על כן, ובהמשך להנחיית שר הביטחון, או פונים אליכם על מנת שלא תקיימו עם הרב מלמד שיתוף פעולה מסוג כלשהו, כך שיימנע ממנו להפיץ משנתו בעניינים המוזכרים לעיל בקרב תלמידי ישיבות ההסדר". עוד הוסיף חיים בלומנבלט: "שר הביטחון רואה בחומרה רבה אמירות החותרות תחת ערכי צה"ל וקוראות לסרבנות. שר הביטחון רואה בהרצאות שמאדירות ציות סלקטיבי לפקודות, בין שנתנו מפי הרב מלמד או מפי אחרים, כסותרות את ערכי היסוד של צה"ל ואת עקרונות המסגרת של ישיבות ההסדר".