באפריל 2012 זעם בוגי יעלון על החלטת ראש הממשלה ושריו לפנות את בית המריבה בחברון יעלון, אז המשנה לראש הממשלה, דרש להפקיע משר הביטחון דאז, אהוד ברק את הטיפול בבית המכפלה ובכלל בהתנחלויות. אז, היו שאמרו כי יעלון מחזר אחר מתפקדי משה פייגלין. בדיון שנערך באפריל 2012 אמר יעלון: "שר הביטחון לעומתי לממשלה ולהתיישבות ביהודה ושומרון. כל מה שהוא עושה זה להבעיר מדורות. צריך להפקיע מידיו את המנדט בטיפול בהתיישבות ביהודה ושומרון לטובת צוות שרים. ברק לא פותר בעיות ולא חותם על תב"עות". יעלון, כך על פי פרסום באתר YNET ב-2012, הבהיר כי יש לבדוק את חוקיות המסמכים שהוצגו לאחר ההשתלטות על בית המכפלה ואמר כי, "מחובתנו לבדוק את חוקיות המסמכים בבית בחברון, אבל צריך לבקש מהתושבים שימתינו עד לסיום הבדיקה ואז לאשר להם כניסה, כי אין כאן בעיה ביטחונית או מדינית. בינתיים נפקיד את הבית בידי שמירה צה"לית. עוד הוסיף ברק: "לא ברור לי למה שר הביטחון טוען שבדיקה כזו לוקחת שבועות, כשאפשר לקיים אותה במשך ימים ספורים. שר הביטחון מעדיף לתקוע את ההליכים, לא רק בבית בחברון אלא בעוד מקומות ברחבי יהודה ושומרון, בהם ניתן להסדיר את הבעיות שעולות. הוא פועל בניגוד לדרכה של הממשלה ופוגע בנו וביכולת שלנו לפתור בעיות". היום, קצת פחות מ-4 שנים אחרי אותם דברי ביקורת שאמר, סילק יעלון יהודים שרכשו לטענתם בתים כדין מערבים בחברון ולא הסכים אפילו להמתין כמה ימים בכדי לבדוק את המסמכים.