בכ' באדר א' תשפ"ד, מספר ימים לאחר שסיים סבב מילואים בו שירת ברצף מיום שמחת תורה, יצא הרב יצחק לנסיעה של חסד. כשהגיע בסמוך לתחנת דלק בעלי, בה טיפל רק כחצי שנה קודם לכן בזירת פיגוע עם ארבעה חללים – פתח לעברו מחבל בירי, ממנו נרצח הרב יצחק יחד עם הטרמפיסט שנסע עימו, הנער אוריה הרטום.

הרב יצחק צייגר הקדיש עצמו לחסד בכל רמ"ח אבריו. הוא פעל במסירות בכל מקום אליו נדרש והיה מהראשונים לפעול ולהגיש סיוע בכל תחומי חייו.

הותיר אחריו את רעייתו שלומית, שלושה ילדים ונכדים.

יהי זכרו ברוך.